1937年全面抗战爆发后，海关总税务司梅乐和仍以保持海关的“完整”为借口，坚持照旧支付日本赔款，他给在财政部次长的函件中说：“倘中国政府此刻即将该项债、赔款停止拨付，日本军事当局或因之对于海关发生干涉举动，津秦一带海关尤属危险。假如因此事致该两处海关被其攫夺，政府损失势将远过于应付日方债、赔款之数。……如该项债、赔款必复予以停付，为免除对于海关行政完整发生不良影响计，窃以为应付之款项暂存于一中立国家之银行，俟将来恢复和平时再为处理。缘如此办理，在中国政府方面既无资敌之虞，而在日本方面亦不致借为口实，对于海关行政加以干涉。” 1937年9月7日梅乐和指示关务署：“当一二八淞护战之时，善后借款按月应拨日本部分，亦均经按期照付。”直到1937年9月国民政府财政部才命令海关税务司不再想日本拨付赔款，改由总税务司在汇丰银行开立了“备付日本庚款专帐”，按月划拨入帐，先后有十六个月之久，到1938年底共达52.5万英镑。这笔款并未交付日本，最后被海关洋员以退休养老金方式吞没了。这样，中国对日本的庚子赔款实际是支付到了1937年8月底，至此，中国对日庚款之余额有1858万两，中国对日庚款的实际支付总数计为5736万海关两。太平洋战争爆发后，国民政府于1941年12月9日正式对日宣战，中日间一切条约据此都被废止，中国对日庚款部分以胶济铁路青岛公产及盐业等各项偿款当然作废，中国不再有偿还的义务。
1938年底，由于中国沿海大城市均已沦陷，关税悉数被日军劫夺，“庚子赔款”的经济前提已基本不复存在，故1939年1月15日国民政府财政部发出通告宣称停止支付庚子赔款：“顾日前战区海关税收，被日人暴力劫持，勒存于日方银行，名为存储，实则利用以夺取我外汇，增加其侵略力量，故其存储之款，本为我各关税务司税收存款，而并不依照汇拨，其侵害友邦利权，及中外债权人之利益，已属无可讳言。政府在此情形之下，不能不有正当之措置，故对于总税务司最近呈请照旧透支还债办法，已不再准予通融……惟此项摊存办法，原系应付目前非常情势之暂时措置，如战区各关将已存久缴之应摊债、赔款及嗣后税收应摊之数额，如数照旧解交总税务司时，政府自当仍即同照旧拨付债、赔款基金，以恢复战前原状也。”这样赔款就停付下来。
1938年底，由于中国沿海大城市均已沦陷，关税悉数被日军劫夺，“庚子赔款”的经济前提已基本不复存在，故1939年1月15日国民政府财政部发出通告宣称停止支付庚子赔款：“顾日前战区海关税收，被日人暴力劫持，勒存于日方银行，名为存储，实则利用以夺取我外汇，增加其侵略力量，故其存储之款，本为我各关税务司税收存款，而并不依照汇拨，其侵害友邦利权，及中外债权人之利益，已属无可讳言。政府在此情形之下，不能不有正当之措置，故对于总税务司最近呈请照旧透支还债办法，已不再准予通融……惟此项摊存办法，原系应付目前非常情势之暂时措置，如战区各关将已存久缴之应摊债、赔款及嗣后税收应摊之数额，如数照旧解交总税务司时，政府自当仍即同照旧拨付债、赔款基金，以恢复战前原状也。”这样赔款就停付下来。
