在（4）中我们谈到组成思维活动的可能是大脑神经网络耗散结构的一系列状态。就起源来说，这个活动是动物“刺激-信息处理-反应”行为模式中间的“信息处理”模块能够自己控制自己而独立出来的一环。所以，人的思维受两类因素影响：一类是外界刺激，如“感时花溅泪，恨别鸟惊心”之类的触景生情；另一类是维持大脑耗散结构运行的体内新陈代谢状态，如血糖低了会在大脑内产生饥饿感觉，从而触发“开冰箱找东西吃”的念头。如果这些念头自己没有意识到，就可能使潜意识的，或无意识的，甚至是本能的。如果说人类区别于动物就是因为这个自我意识，那么人的休闲养性就是强化自我意识的训练。
当一个人发脾气的时候，这放火最初的那一念是自己没有意识到的，如果自己意识到了，或许就不会不顾场合地发脾气了。佛家管这叫无明火。所谓无明火，就是发火来自无明，所谓无明，按照我的理解，就是无自我意识之谓也。儒家讲人要有自知之明，把“自知之明”这个词放到我的精神模型下理解，就是动心起念要自我意识到。所以，禅坐和西方精神病疗法相通的地方之一，就是把大脑中的潜意识发掘出来，让它变成显意识，这样就使得“刺激-信息处理-反应”的模式不是被动地受外界刺激就反应的模式（成见），而是变为“刺激-思考”和“思考-行动”两部分，这时人的行为就脱离动物的本能，成为行为的真正主体。
道家修炼，从调息静默入手。就是调整身体新陈代谢运动，使得体内新陈代谢稳定，这样才能使得大脑耗散结构稳定和容易自我控制。比如林黛玉体弱多病，就容易多愁善感，而现代高血压患者，则容易冲动发怒，这些都是新陈代谢机能对“信息处理”模块的影响。所以，中国人本主义的三大宗教，都讲究修身养性，性命双修。高明的气功师傅传授气功修炼方法时往往会附带劝善教育，这是一个心身互动的过程。心理活动对身体健康的影响是众所周知的。如情绪低落时食欲就差，据说这是人类进化过程中物竞天择的结果，当原始人遇到觅食困难时（情绪低落），就会降低新陈代谢水平以延续生命。而人的新陈代谢运动大部分是无意识行为（或植物行为）。道家修炼恰恰从有意识调节新陈代谢水平入手，调息，呼吸均匀缓慢，使得心跳均匀缓慢。注意，这实际上是“思考-行动”模式中的“行动”变成了控制新陈代谢水平的行动，而新陈代谢水平反过来间接地控制了思考。修炼功夫深了，就会进入入定状态，只意识到意识自己的存在而排斥其它一切感受的干扰。
“信息处理”过程包括对记忆的运用，有意识的记忆是回忆，如想想昨天所作所为。对记忆有意识的处理是思考，对记忆无意识的处理就有点像佛家所说的业力，行为模式被陷到一个固定模式里而不可自拔，即便外界“刺激”环境变化了，还是不能得出适当的应对行为。
我们受外界刺激，但“信息处理”按照业力有选择地处理并导致应激行为，那么，究竟这个业力选择了什么信息来构造自己的行为呢？这个构造过程是在自我意识监督下进行的呢还是不上控制地无意识或下意识行为呢？这里就引出了另一个修炼方法，观看自我意识怎样受外界刺激而动心起念。观音法门就是这种修炼方法，这个方法就是专注听觉感受，对所有声音引发的动心起念放到自我意识的监视之下，修炼久之，则在修炼状态下听觉刺激内引发的所有念头都甄别过了，许多潜意识被化为显意识了，最后到达没有无明念起的纯自我意识状态：入定。佛家称眼耳鼻舌身意为六贼，可以理解为外界刺激会引发业力做出无意识或下意识行为。
自我意识，是“信息处理”模块独立自主的关键。精神病无法控制自己行为，就是这个模块失去了独立自主。西方精神病疗法与中国传统修身养性的修炼方法相通的地方，就是把潜意识变为显意识。而中国传统修炼方法还加强了意识对感觉和身体内部内分泌对行为影响的有意识的控制。人于动物的区别就是人有独立的自我意识，而中国传统修炼就是强化了人的本质特性。
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