首先介绍一下“中央研究院”是怎样的一个机构：
1927年4月17日，国民政府定都南京，由李煜瀛、蔡元培（孑民）、张人杰（静江）3位先生共同起草组织法，提出设立中央研究院案，此为设立该院最早的纪录。 1928年年6月9日，举行第1次院务会议，宣告正式成立。特任蔡元培先生为院长。
抗战前，该院先后成立了10个研究所，分设京、沪两地。及至抗日战争爆发，奉命西迁，分处昆明、桂林、重庆等地。 1949年国民政府堪乱失败，再搬迁来台，及 时撤迁者只有历史语言与数学两个研究所，图书文物则暂时存放在杨梅火车站仓库。之后在朱家骅代院长多方奔走下，方于1954年在南港现址建立院区。
来台后，复经继任的几位院长，胡适、王世杰、钱思亮、吴大猷、李远哲之戮力经营，始有今日之规模。
中央研究院为中华民国学术研究最高机关，其基本权责如下：
一，人文及科学的研究。
二，指导，联络及奖励学术的研究。
三，培养高级学术研究的人才。
未来将继续秉持良好的学术传统与研究基础，开发新的科学知识领域、培育更多年轻的优秀人才、以及研议良好的政策建议，并持续加强对当代社会、人文与世界的关怀，借以丰富人类的文明，创造更美好的世界。
很明显的，中央研究院乃是国家的最高学术研究机构和拔尖的科学人才培训中心，它应该排除与任何政治、商业等利益的挂勾！
现任院长为翁启惠院士，接任于2006年10月19日；副院长为王瑜、王惠钧、王泛森三院士，襄助院长处理院务。
然而今天的中央研究院，由于浩鼎案的爆发，而揭露了院长翁启惠炒股，缺乏诚信，甚至还涉嫌内线交易等法律责任问题，这不但伤及他个人的品德和地位，亦且对中央研究院的本身，也造成了重大的伤害！
中央研究院院长翁启惠现在一直滞美未归，而将浩鼎案推向利益输送疑云的高峰。目前台湾社会的舆论约分为两派：
一派认为中研院院长为全国最高学术机构领导人，必须高风亮节，不可以牟私利；另一派则认为翁院长有可能获得诺贝尔奖，有着学术崇高地位，不容社会糟蹋名节。这两种说法却是将个人的品德与学术成就紧紧扣在一起，而误解了科学家这一职业的本质。
据媒报导：首先，翁院长一直强调他是以科学家立场发言，个人没有股权，以示发言客观公正，不涉利益纠葛，结果被发现是他的家人持股。其次，翁院长说不知道女儿买浩鼎股票，但浩鼎董事长说是翁院长本人下单卖出，这双重谎言已涉及中研院院长的政治诚信。再者，翁院长下单交易的时间点太过接近浩鼎公布解盲结果时刻，引起大众质疑是否有内线交易，亦是合理。
这些对翁院长言行的批评与质疑，若径以诺贝尔奖的学术光环作为护体，是混淆了学术与商业利益的界线。因为学术应该绝对是清高的，尤其是作为一个全国学术机构的首长，他不仅代表这个机构，而且还代表这个国家！他若真心想要追求商业利益，他就应该辞去院长职务，专门从事企业经营！所以翁院长的学术成就，本就不应因他的不当言行，甚或可能的刑事侦查被否定，我相信诺贝尔奖（除和平奖与文学奖外）的审查委员会，也不会考虑学术贡献以外的因素而给奖。但他却不能以此作为谋取商业利益的罩门！
台湾近20余年来，因教改所衍生自高教至国教的种种问题，不正是我们太迷信于李远哲光环，让他越界加持一个完全不属于他的专业领域所造成的？翁院长的争议其实无涉蓝绿意识型态，而应该是学术圣人的除魅过程。
现在我再来谈一谈中央硏究院的几位前任的院长：他们是如何高风亮节，不贪图一己之私，默默地耕耘，为学术而贡献自己！
一，首任院长蔡元培先生：
他认为教育与学术是立国的根本，而科学研究尤为一切事业的基础，所以他努力科学研究的促进，创建中央斫究院，就是他对我国科学事业最大的一项贡献。因 此他还认为，中央所究院是集中专门人才，分设各种研究所，使中国科学研究进入一个新的时代。所以中研院的设立，在我国科学事业上，是极具有重大意义的。晚 年，他辞去了一切兼职，但仍保留了中研院院长的职务，以贯彻他注重学术研究的主张。
二，继任院长胡适：
1958年4月10日早上9点，胡适就任“中央研究院”院长。就职典礼结束之后，旋即召开了研究院第三次院士会议。
这时候，冠盖云集，蒋介石总统与陈诚副总统都来到了院士会议现场。于是，胡适以院长身份宣布召开院士会议，之后便邀请蒋介石讲话；
老蒋一上台就说：既然中央研究院为学术之最高机构，当责无旁贷地担负起复兴民族文化的大任，目前我们大家共同努力的唯一工作目标，就是早日完成反共抗 俄的使命。如果此一工作不能完成，则吾人一切努力均将落空，因此希望今后学术研究，亦能配合此一工作来求进展。老蒋在讲到胡适个人时说:“我对胡先生，不 但佩服他的学问，他的道德品格我尤其佩服。
然后话锋一转，蒋又再度将学术研究与政治联系起来，略谓：“今日大陆上共匪以仇恨与暴力，为其一切倒行逆施的出发点，其目的在消灭我国家之传统历史与文化，而其重点则为毁灭我民族固有之伦理与道德，因此胡适先生之思想及其个人之德性，均不容于共匪，而必须予以“清算”，即为共匪摧毁我国伦常道德之一例……”
意想不到的是，蒋介石的这一番说辞，竟令身旁的胡适大为不快。胡适原本笑容可掬的脸突然阴沉下来。
结果老蒋讲完之后，胡先生站起来继续答话，他的答话让大家脸色都凝住了，他一开始就说：”总统你错了。我个人认为，我们学术界和中央研究院挑起反共复国的任务，我们所做的工作还是在学术方面，我们要提倡学术……” 在当时那么威权的时代，他这样讲使全场的人脸色都变白了，气氛非常紧张。老蒋听到胡院长这一段话，立即怫然变色，站起身来便要走，坐在他旁边的陈诚，赶快拉他坐下，这样老蒋才在典礼结束后告辞离开。
只是在胡适院长任内，就未再来过南港了。这一件事，胡院长的表现可以说确实为中央研究院在追求学术自由与独立上树立了一个里程碑。
三，第六任院长吴大猷：
1984年，中央研院当时的院长钱思亮，病逝台大医院，依照中央研究院组织法，由四十一位院士投票，吴大猷获得四十票，成为了中央研究院第六任的院长。
吴大猷是一位国际知名的物理学家，在科学发展指导委员会诞生后不久，1967年的五月来台，且建议改组国家科学委员会。总统蒋中正接受他的建议，并由吴大猷兼任国科会的主任委员。在他没有接任中央研究院院长之前面，对台湾要不要发展核子武器，曾经有过相当的影响力。
那是在1964年10月，中共试爆了他们的第一枚原子弹，当然这更加引起了蒋介石和国防部的关心和忧虑。隔年二月，国防会议及有关单位决定，除非我方 也能尽速研制出原子弹，否则海峡两岸很难取得兵力对抗的平衡。于是老蒋立即决定成立一个以专门研究原子弹为首要任务的筹备委员会，并指定国防部常务次长唐 君铂为筹备委员会主任。当时唐君铂??还得到蒋的批示，礼聘以色列核弹与原子能发展之父伯格曼来台，担任此筹备委员会的顾问。
筹备期间，在伯格曼顾问指导下，先后召开多次会议，获致六项初步结论：筹备委员会将获致的六项初步结论，先由唐君铂陪同伯格曼向蒋介石面报，老蒋经详细核阅后批示：
一，侭速为此原子弹研制计划筹款1.4亿美元，并立即成立一定名为“中山科学研究院”的机构，院址选用石门园区。
二，院内设四个研究所：（1）核能研究所; （2）火箭飞弹研究所; （3）电子科技研究所;（4）化学研究所。
三，拟订科技人才十年培训计划，考选各类人才，送美、英、法、以色列等国培训。
此即所谓的“新竹计划”，经过四年筹备后，1966年，“新竹计划”正式启动，并正式命名此机构为：“国防部中山科学研究院”。首任所长为钱积彭，他 原任职航空研究院，后到美国阿岗实验所接受核反应器理论与工程教育，回国即为当时清华大学延揽，担任该校核工组主任。后又在美国阿岗研究所从事中子物理研 究，先后荣获硕士、博士学位。
在“新竹计划”启动前一年，蒋介石曾请吴大猷，担任“国家安全会议”管辖的“科学发展指导委员会”主席，继而又接任“国家科学委员会”主委。老蒋蒋把 “新竹计划”内部文件交吴大猷审阅，冀望吴大猷贡献智慧。出乎意料，吴大猷强烈反对台湾发展核武。此外曾参加美国曼哈顿核弹研究计划的知名物理学家吴健 雄，她也表示反对！
吴大猷陈述道：
一，是国际间防止核武器扩散的大环境。在取得铀原料与制造过程中，美国必然会强力阻止，不利于我们对美关系；
二，研制成功后必须试验。美欧都有沙漠或大洋作试验场地，台湾则没有，如在公海投掷，必然引起邻近国家强烈反应；
三，台湾制成原子弹后，向哪个方向使用？如果是彼岸此岸地投过来投过去，那就是中华民族自相残杀，必将祸及后代子孙，何以面对历史责任？我看彼岸此岸，谁都不敢贸然尝试。
因此据二呉的解释，台湾腹地狭小，不利于从事核子战争，造之何用？况且当时台湾经济正在发展阶段，核武计划必须花费庞大经费，这样势必造成台湾财政的沉重负荷。
吴大猷在接任中央研究院院长职务后，他认为，中研院的组织若没有大学学生的新血的持续投入，就如同军队有将无兵，因此在任职院长期间，他积极推动中研院与大学间的学术交流，许多大学的年轻学子因此得到了中研院的师资以及研究设备的补助。
此外，吴大猷也在中研院的各研究所中增设”学术咨询委员会”，由院方聘请了国内外的学者所组成，其任务是与所内人员检讨、建议研究方针及重要学术计画和国内外合作的事宜。
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