根據海基會公佈的行程,21日上午海協代表團搭機抵達台灣後,下午海協代表團企業代表參訪彰濱工業區(彰濱服務中心、台灣玻璃館、台玻公司鹿港廠),陳雲林則將參訪由台中市政府安排的台中市市政建設,另兩會副董事長(海協會常務副會長)舉行預備性磋商,晚上海基會將在福華飯店17樓福華廳設宴。
22日上午進行兩會領導人會談,下午簽署協議,並舉行海協、海基兩會記者會,同時陸委會主委賴幸媛也將會見代表團成員,並舉行歡迎茶會,晚間由海協會在裕元花園酒店辦答謝宴。
23日上午在福華飯店舉行陸資來台投資座談會,苗栗縣長劉政鴻並將在中午假三義西湖渡假村舉辦午宴,下午陳雲林將參訪三義木雕博物館、大甲鎮瀾宮、鎮瀾兒童家園,海協代表團參訪中部科學工業園區(園區管理局、友達光電、華邦電子),晚間由台中市長胡志強在裕元花園酒店舉辦晚宴。
24日上午海基會董事長江丙坤進行早餐會,陳雲林將赴中台禪寺拜訪惟覺法師,並訪問南投縣水里鄉新山村災區,海協代表團則將參訪中台禪寺,中午在日月潭涵碧樓用餐,並安排參觀日月潭景點,晚間由南投縣長李朝卿在日月潭涵碧樓晚宴,25日上午江丙坤以及陳雲林將個別講話,隨後海協代表團自台中航空站搭機離台。
海基會表示,安排陳雲林等人參訪行程,有助於大陸方面瞭解台灣社會、人文、經濟與自然環境,對促進雙方彼此瞭解、互信互諒均有莫大助益,呼籲民眾應珍惜主辦的機會,展現作為主人的胸襟與氣度,給予客人應有的尊嚴、安全與便利。