1915年，洛克菲勒基金会以20万美元从伦敦会购得原协和医学堂的全部产业，
又以12.5万美元购得东单三条胡同原豫王府全部房地产。
随后，洛克菲勒基金会投入巨资进行新校的建设。
新校和医院房屋的设计建筑都由美国人负责，从1917年到1921年，建筑工程进行了4年之久。
原预算为100万至150万美元，结果共耗资750万美元。
学校全部建筑外部造型为宫殿式，画栋雕梁，琉璃瓦顶，均为高级建筑材料。
而内部则为现代化装备，病房、教室、实验室等均符合实用需要。
学校有独立的完整的动力系统，电力、水暖、冷冻、煤气、自来水、压缩空气系统等一应俱全。
除学校建筑群之外，还在附近外交部街及北极阁两处建有小楼30余座，
供高级教职员居住，并有学生宿舍，共55幢建筑。
此外，洛克菲勒基金会还为新校物色了一批教学人员，他们多数来自英、美、加拿大，
其中也有一部分中国人。这是一项重要的工作，直接关系到学校的质量。
从接办到1921年期间，共聘请了151名高级人员，其中外国人共123名，中国人中有25名曾在国外接受教育。
1921年9月，当新校建筑完成之后，协和医学院举行了隆重的开幕典礼。
除本校教职员工学生外，参加的还有洛克菲勒基金会和中华医学基金会的代表、
中国政府的代表和社会名流，以及世界各国的一些著名大学校长、教授和医学团体负责人。
协和医学院步入正轨后，由于受当时美国医学教育改革潮流的影响，其办学模式基本上是以美国著名的约翰斯·霍普金斯医学院等为榜样。为培养高水平的医学人才，该校实行八年学制，包括三年医预科。在培养医本科人才的同时，还开办了高级护士学校。在人员的选拔方面，协和医学院的要求极为严格。在强调重质量而不重数量原则的指导下，该校每年招收医学生和护士学生均不超过30人。因为学校当初的设计规模仅为每年25名，最多不超过50名。医学生入学后还有严格的淘汰制度，特别是在第一、二学年，由于学习成绩差或健康等原因而留级或转他校者，往往占入学人数的三分之一或更多；学生的录取不仅凭入学考试的分数，还要参考其医预科的学习成绩和推荐情况。学生每一门学科的学习亦不单凭一次大考，而要参考平时经常性的测验和教师对学生学习和工作态度的观察。可以说，无论是考入协和还是在这里完成学业，都是非常艰苦的。不过这也是与其身价相匹配的，因为协和是在美国纽约州立案的，其毕业生的羊皮文凭上有纽约州长的亲笔签名。
在教学方面，协和从开办之初即明确要用英文教学，其理由是英文可以直接吸收世界医学知识，也是进行国际交流的必要工具。另外，该校强调启发式教学，理论结合实践。学生从本科一年级起，就有机会得到关于科学实验研究的初步训练，如生理学、微生物学、病理学等科，均安排学生做一些实验室研究和动物试验。在教师指导下，学生学习查阅文献、写综述、独立设计实验、收集和分析资料，写出英文论文，目的是使学生对科学研究工作有初步的认识。更难得的是，为了培养专才，协和每年都会有计划地派遣一些已有数年工作经验的优秀青年医师、教师和护士到欧美各国进修深造，一切费用均由学校负担，一般为期一年或两年，期满返校继续任职。这种制度为青年医师和教师提供了提高业务水平和更新知识的良好机会。
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北京协和医学院在中国建立起了培养现代医学人才的体系。医学院拥有极为严苛的育人标准。
学生在进入协和之前要读三年预科。日后成为中国泌尿外科专家的吴阶平说：
“1933年我考入燕大医预科，全班共有52名同学，到 1936年考协和时，却只有15人被录取。”
协和拥有残酷的逐级淘汰制，每年平均十六位毕业生的“极少数产出”，
培养出了如林巧稚、吴阶平、诸福堂等一批顶尖名医。图为协和医学院的毕业生。
学生考入协和前要读医预科，但当时的中国没有一所综合性大学能够达到协和期望的医预科水平。为此，洛克菲勒基金会拨款资助了13所综合性大学，持续八年，其中对燕京大学投入最多。基金会资助最为著名的一个科学项目，是对周口店“北京人”的挖掘研究。图为专家在“北京人”遗址。
上世纪30年代初，洛克菲勒基金会对晏阳初在河北定县的乡村建设运动进行了考察，由此提出“中国项目”，打造可供全国学习推广的农村发展模式。抗战爆发后，基金会克服各种困难，对中国乡村建设的资助一直延续到1944年。图为在河北定县的晏阳初（左一）等人。
洛克菲勒基金会在1949年以后的预算中，还保留给协和医学院和清华大学历史、语言两个研究所的预算。1951年，协和医学院收归国有。至此，基金会停止了最后一笔拨款。
自从20世纪70年代起，中国逐渐恢复了与洛克菲勒家族的往来。1973年6月29日，中国国务院总理周恩来在北京会见了美国大通曼哈顿银行董事长大卫·洛克菲勒。
大卫·洛克菲勒曾多次访华。改革开放后，洛克菲勒基金是最早恢复与中国合作的基金会。图为1988年5月24日，邓小平在北京人民大会堂会见大卫·洛克菲勒（左二）和美国前国务卿亨利·基辛格（左四）。
1988年5月22日，时任全国人大常委会副委员长、中国国际信托投资公司董事长荣毅仁在北京会见大通银行国际咨询委员会主席大卫·洛克菲勒和美国前国务卿基辛格。
1988年5月24日，时任国务院总理李鹏在中南海会见由主席大卫·洛克菲勒率领的美国大通·曼哈顿银行国际咨询委员会代表团
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