1955年交大西迁的初始决策要把上海交大整体搬迁到西安。交大是第一名工业大学,为什么要西迁?这是基于中央对国际形势的判断。1954年底,台湾美国签订《中美共同防御条约》,美国摆明要军事支持台湾了,东南沿海不安全了。1955年4月份中国与苏联签定原子能协议,准备发展原子弹。另一方面,交大在上海发展受场地限制。一五计划已经提出“在沿海城市中,今后一般地不应该再新建和大规模扩建高等学校。”因此高教部决定搬迁交大。交大到达西安之后,1956年开始增加原子能专业,并开始以交大的技术力量为主,在西北沙漠建立西北核研究院。
但是,交大西迁造成许多问题。文革中许多大学从大城市搬迁到小城市,或办分校,都不成功,后患无穷。抗战中各大学搬迁属于战争中的无奈之举。上海是最大工业城市也要技术力量。56年毛“论十大关系”,认为应当充分利用沿海工业基地。交大也召开了多次师生会议,形成多数代表认为不迁为宜的结论。这一问题被提交高教部和国务院讨论。之后又有搬去西安和搬回上海两个方案,在57年还有统一领导,两地分别办学的方案。后来又感觉两地距离较远,不便统一管理,在59年最后决定建立西安交大和上海交大两个独立的大学。