武汉肺炎病毒与SARS病毒的亲源关系 (2)

来源: Stegy223 于 2020-01-24 09:44:36 [档案] [博客] [旧帖] [给我悄悄话] 本文已被阅读：次 (6624 bytes)

目前看到的几篇有关此次武汉肺炎病毒的科学论文个人认为最有价值的是石正丽团队的一篇：

1. 该文通过详细深入的核苷酸序例等综合分析明确指出武汉肺炎病毒属于SARS-related Coronavirus (SARSr-CoV) 家族。这一点其实不是新闻，但能用坚实的科学研究结果来证明(或证伪)一个事关广大民众生命安全的重大话题当然是所有人对科学家的期望，也是真正的科学家让人们敬重的根本原因。

引文: "Further analysis indicates that some of the nCoV-2019 genes shared less than 80% nt sequence 77 identity to SARS-CoV. However, the seven conserved replicase domains in ORF1ab 78 that were used for CoV species classification, are 94.6% aa sequence identical 79 between nCoV-2019 and SARS-CoV, implying the two belong to same species"

注：ORF指 Open Read Frame. 通过序列分析及其它综合分析有相当高可信度(Almost certain) 病毒这一蛋白在宿主体内被表达出来了而且对病毒的病理过程有重要作用。但对这一“假设"的蛋白功能目前了解尚不充分。

这次武汉肺炎病毒虽属于SARS-related Coronavirus (SARSr-CoV) 家族，但又有其独特之处(novel), 所以武汉肺炎症状亦有不同于2003年SARS之处，这些都有待于相关科学医学专家和工作者们进一步跟踪深入研究。

2. 令人吃惊的一点是石正丽团队第一次发表了下面这一结果：该团队从云南蝙蝠体内提取到的一株病毒测出的基因核苷酸全序列96%和这次武汉肺炎病毒相同！！！那编码的病毒蛋白序列恐怕相同性(Identity%) 会更高。这样的话还一定需要一个中间宿主吗？这株蝙蝠病毒会直接感染人吗？这是个令人极为关切的重要问题。GenBank目前还没有检索到这株蝙蝠病毒(bat CoV RaTG13)的全序列。

引文: “We then found a short RdRp region from a bat coronavirus termed BatCoV RaTG13 83 which we previously detected in Rhinolophus affinis from Yunnan Province showed 84 high sequence identity to nCoV-2019. We did full-length sequencing to this RNA 85 sample. Simplot analysis showed that nCoV-2019 was highly similar throughout the 86 genome to RaTG13 (Fig. 1c), with 96.2% overall genome sequence identity. The 87 phylogenetic analysis also showed that RaTG13 is the closest relative of the nCoV-88 2019 and form a distinct lineage from other SARSr-CoVs (Fig. 1d).”

下图选自该文图1c以便进一步细看一下SARSr-CoV家族中这些己知病毒间的亲疏运近关系。这一家庭可分为二小枝(也许可以考虑叫“亚型” subtype?)，武汉肺炎病毒与2003年人SARS 病毒及众多蝙蝠SARS 病毒在二个不同小分枝。但是最重要的结果之一是一株蝙蝠病毒和武汉肺炎病毒在同一个核心家庭里了(96% by identity) 。