在苏军的帮助下，武装的东突暴乱分子1945年攻陷新疆伊宁，随即对汉族人展开了大规模的屠杀，遇害人数达2万至7万人。“他们疯狂的砍杀追打汉人，街上汉人的尸体堆积如山”一位幸存者口述。1949年中共称赞东突：“你们多年来的奋斗，是我全中国人民民主革命运动的一部份。”同年12月，曾屠杀数万汉族平民的“东突民族军”被编入中共解放军第五军，其首领被中共授予少将军衔。
在抗日战争时期的1944年，新疆北部伊犁、塔城、阿勒泰“三区”在苏联军事支持下，爆发武装分裂暴动，并在新疆建立割据势力，宣称为“东突厥斯坦共和国”，中共称之为“三区革命”，但被普遍称为“三区叛乱”。
宋紫凤在《白杨树下的物语》一文中提到，“东突”，这个词近年来常被中共作为恐怖势力而提到，而对于北疆小镇上那些老人们来说，在他们的印象中，那个东突本应该算是共产党的盟友。因为东突厥斯坦共和国正是当年在中共和苏共的支持下，在这里成立的。
前苏联在1930年代至1940年代，多次试图吞并新疆地区，企图将其改为“东突厥斯坦苏维埃社会主义加盟共和国”。为此，苏联扶植了很多新疆民族主义和共产主义团伙，并积极寻找在新疆的代理人。
由于盛世才奉行亲苏政策，在得到苏共的支持后，他在1934年当选新疆省主席，并借助苏联的力量驱逐南疆张培元、北疆马仲英，成为“新疆王”。
到1942年苏联野心毕露，盛世才察觉苏共企图推翻新疆省政府，分裂中国领土以建立苏维埃政权，他随即与苏联决裂，转投中华民国政府。1943年1月，盛世才奉中华民国政府之令，要求苏联撤出在新疆的驻军及其机关，但苏联反驳这是“非法且仇视的行为”。
1944年统治新疆达十年的盛世才，被民国政府调离，赴重庆任农林部长，改派吴忠信出任新疆省长。盛世才离疆后，新疆出现权力真空，盛世才时期新疆民族问题以及与苏联关系的恶化由之而曝露，新疆境内的少数民族开始爆发暴乱。
在抗日战争最关键时期的1944年秋，在苏联支持下，伊犁、塔城、阿勒泰爆发武装叛乱，极端民族者以“杀回灭汉”为口号，并宣布成立“东突厥共和国”，中共称赞为“三区革命”，外界则称“三区叛乱”。
1945年，东突武装暴乱势力攻陷伊宁后，即对汉族人展开了大规模的血腥屠杀，遇害人数高达2万至7万人，然而，当时中共却对此称之为“三区革命”，给予了东突暴乱很高的评价。“街头巷口到处都是面孔生疏的维族人和哈萨克人，他们疯狂的砍杀追打汉人，街上汉人的尸体堆积如山”——幸存者口述。
叛乱发生后，1944年9月民国政府出兵平乱，但由于当时正处国内抗战艰苦时期，东突又得到苏联强有力的军事支持，因而民国政府难以对新疆进行大规模军事行动。出兵平乱的同时，民国政府与苏联、东突展开了谈判斡旋。
民国政府最终于1946年4月重新控制了新疆的局面，与苏联、东突制定出十一条和平条款，取消了“东突厥斯坦共和国”的称号，成立新疆省民主联合政府。联合政府的核心层由亲苏派别组成，领导人为阿不都克里木•阿巴索夫和阿合买提江。
毛泽东曾于1949年8月，给东突头目阿合买提江写信表示感谢，毛在信中赞扬称：“你们多年来的奋斗，是我全中国人民民主革命运动的一部份。”1949年12月，曾经屠杀数万汉族平民的“三区民族军”被编入中共解放军第五军。毛还表示，“三区民族军在新疆牵制了近十万国民党的军队”，而毛指的是在那个硝烟滚滚的抗日战争时期。
然而，当今天的中共政权不再需要东突的时候，中共又立刻把早在上世纪就编入共军的东突军称之为“东突恐怖份子”。
也许镇上的老人们永远也搞不懂，昨日中共口里的盟友，今天如何又成了对立。当年的三区“革命者们”，用今天的话讲叫“东突恐怖份子”，早已被编为中共的第五军，而头人阿巴索夫也在刚一“解放”就“及时”的遭遇了空难，如今，天知道哪里又冒出个东突。——《白杨树下的物语》。
