公海航行自由当然是指平时。战时，无论是公海还是我方的或者敌方的领海，我方当然有权不允许敌方航行。

南海是公海，就是说平时任何国家都有权自由航行，战时，交战双方都可以限制对方航行，但第三方依旧可以航行。

比如中美打起来了，中国当然有权打击在该海域的美国军舰，当然美国也有权打击中国军舰，但是，如果俄罗斯和日本如果没有参战的话，他们的军舰就有权继续在南海自由航行，中美两国都不能限制俄日军舰的活动。

如果该海域是中国领海，如果中美交战，美军当然有权在该海域攻击中国军舰，中国当然也有权在该海域攻击美国军舰。但是无论是俄罗斯还是日本都无权自由进出该海域。如果进入该海域，则中美任何一方都有权攻击他们。

如果该海域是越南领海，则无论战时平时，中美俄日军舰都不可以自由进出。如果进入，则越南有权扣留。