许崇智曾留学日本陆军士官学校。1911年11月，参与福州起义。1913年参加“二次革命”，失败后逃亡日本。在日本参加孙中山中华革命党。1915年底回国，参加反袁护国战争。1917年任孙中山护法军政府大元帅府参军长。1919年，粤军被编为两个军，以陈炯明为粤军总司令兼第一军军长，许崇智为第二军军长。1922年，孙中山决定北伐，并任命李烈钧和许崇智分别为北伐军总司令和总指挥。1923年1月在孙中山的领导下任东路讨贼军司令，从闽南方向讨伐盘踞广东的陈炯明。1925年1月在孙中山的领导下，参加第一次东征，继续讨伐陈炯明，击败陈炯明部主力。
1925年3月，孙中山逝世。7月1日，中华民国国民政府在广州成立，许被任命为军事部长兼广东省政府主席，一时间成为仅次于汪精卫、廖仲恺和胡汉民的国民党领袖。
当年8月20日，国民党元老、左派领袖廖仲恺被暗杀。汪精卫、许崇智、蒋介石三人组成特别委员会，以控制局势和处理廖案。在审理廖案过程中，蒋介石以国民党右派涉嫌最大为名排挤许崇智，许的很多亲信被抓，本人被迫到上海避居英租界。1927年冬，蒋给许旅费20万元，令许先后到美洲、欧洲等地旅行两年多。1929年，许返回上海，但已不复昔日权势，从此再没有大的作为。1939年，许迁居香港。1965年1月病逝于香港。
许崇智晚年定居在香港，潦倒度日。
许崇智的儿子仁之曾说，他的父亲是非常敬重孙中山先生的，他的照片和题字都被挂在了大堂。每到孙先生的忌日和生日，他们全家都要祭拜。许崇智是不能容忍后代说孙先生一点不好的。有一次，三兄弟一起在打球，仁之看见大堂里的题字，好奇地问父亲，孙文两字写在纸上，是不是意味着这是孙先生亲笔写的。仁之的话还没有说全乎，父亲就发怒了，责问仁之孙文两个字也是他可以叫的。仁之还是第一次见父亲这么生气，三兄弟怕得连球也不打了。在往后的一个月里，许崇智看见儿子就骂一次。许仁之现在和他的儿子居住在上海他们家以前的老房子里。许崇智的大儿子叫泽之，他曾经从香港返回过故乡祭拜先祖，现在他已经去世了。据资料记载，许崇智长子曾在上海被绑架，绑架者传说是蒋介石。那时许崇智匆匆回到上海，经过多方运作，花了数万银元才赎回了自己的儿子。许崇智知道绑架儿子的是谁，可是他没有证据。在这件事不久，许崇智就放弃军中职务。
