1950年1月29日，400多名地下GD被捕，全军覆灭。

1950年1月29日，国民党特务逮捕了中共台湾省工作委员会书记蔡孝乾。蔡孝乾叛变，供出了所有名单资料，造成包括400多名地下共产党人被捕，变节者活命，坚贞不屈者被押马场町刑场枪决。国民党保密局逮捕蔡孝乾时，蔡供出了吴石。蒋介石得悉，非常震怒。1950年3月1日，台湾当局下令以“为中共从事间谍活动”罪名逮捕吴石将军，并在其寓所搜出他亲笔签发给朱谌之前往舟山的特别通行证的有关书面材料。这样，不但摸清了失踪多日的朱谌之去向，也为吴石的“叛逆”最后定了罪。不久，朱谌之便被国民党军警从舟山抓回台湾。由于此案涉及高级军官多人，加上吴石在国民党军界有很多朋友和门生，国民党需要给海内外一个明确的交待。