中華民國（臺灣）
中華民國外交部在5月14日認為動亂沒有特別針對台商或華裔印尼人，並不是排華行動，不到實施撤僑的時刻。[14][15]根据《中时晚报》报道，5月16日起指派緊急指派專機飛往印尼疏散受難者，並且安排C-130運輸機於國內待命及派遣艦隊至峇里島海域隨時進行武力撤僑。[16][17][18]中華民國政府要求保護受難者，並威脅要撤回台灣在印尼的投資（約130億美元），禁止印尼勞工入境（約1萬5千人）。[19]:166對於印尼表達希望勿撤資撤僑，時任外交部部長胡志強5月17日表示，政府動作如果太大，擔心激怒印尼政府，後果難以掌握，[20] 至同年7月29日公開召見印尼駐華代表提出「最嚴正的抗議」。8月3日，上百人向印尼駐台北經濟貿易代表處抗議印尼華人女性被強暴[21]。8月8日，印尼投資部長飛往台灣提倡投資印尼時，也因此為此事件道歉。[19]
中华人民共和国
中國外交的和平共处五项原则包括「不干涉他國內政」，對印尼也是如此。[22][23] 中国外长唐家璇于1998年4月访问印尼时，曾表示“愈发严重的社会动荡及种族暴力问题”屬於印尼内政，中國不會干涉。”[24][25][26][27]《人民日報》报道称骚乱期间，中华人民共和国驻印尼大使馆全体动员，昼夜加班，逐个拨打电话确认300多名已经登记在册的中國公民，并多次开车进入骚乱地区救人，同时多次要求航空公司多开三个航班，撤走200名华侨[28]。7月28日，中國外交部發言人唐国强在答記者問時說：“中华人民共和国政府对印尼华人妇女在5月骚乱中遭强暴表示强烈关注和不安。我们多次通过外交途径希望印尼政府彻底查处有关事件，并采取有效措施，避免类似不幸事件的发生”。[29]據国际新闻社報導，中國直到8月才改變原先「不干涉內政」的政策。[30]8月3日，《人民日報》發表評論，呼籲保護印尼華人的安全和合法權益，嚴懲不法之徒。[31]外交部长唐家璇在8月東協外長會議時，要求印尼政府重視此事，盡速查處，確保華僑的安全和合法權益。[28][29][26]与此同时，北京大学学生组织的抗议行动被该校（或說是公安[32]）劝导和制止。[33][21]在撤侨过程中，亲台华人并不愿意通过大陆撤离印尼。
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