1957年2月27日，毛泽东在最高国务会议上作了题为《关于正确处理人民内部矛盾》的报告，《人民日报》由于未接指示，故没有宣传，更没有发表社论。同样，在双百方针开始后，《人民日报》依然没有动静，让毛泽东很不满意[6]。自4月10日后毛泽东多次批评邓拓和人民日报编辑，指斥邓拓为“书生办报、死人办报”[4][7]。邓拓感到自己处境十分难堪，请求辞职。毛泽东说，“你只知道养尊处优，不能占着茅坑不拉屎。”6月13日，邓拓被撤销总编职务，只保留社长名义，总编由吴冷西继任。
邓拓在《燕山夜话》当中对毛泽东的大跃进政策进行了尖锐的评判，在《爱护劳动力的学说》一篇当中借古讽今对强迫使用农业劳动力和大规模无计划的工程建设提出抗议，他写道「早在春秋战国及其前后时期，许多古代的大政治家已经知道爱护劳动者的重要意义……《礼记·王制》写道：“用民之力，岁不过三日”……我们应当从古人的经验中得到新的启发，更加注意在各方面努力爱护劳动力。」[8]
《燕山夜话》的另一篇则迂回地为当时被打倒的彭德怀而辩护，试图为彭争取公正的待遇。《为李三才辩护》当中描述了高级官员李三才，他因为在朝廷上勇敢揭发宦官的罪恶而被罢官，李一再上书要求皇帝亲自审问，但被拒绝，这个情节恰巧影射了毛泽东拒绝彭德怀后来写的八万字自辩书。
邓拓以古代直言进谏的学者自诩，称赞的“杂家”（具有非正统观点的知识分子）对国家工作的重要意义，并且屡次举明末的东林党人积极参政的范例，邓拓写过若干首诗来称许东林党人“莫谓书生空议论，头颅掷处血斑斑”“力抗权奸志不移，东林一代好男儿”[9]。
自1966年5月8日《解放军报》发表署名“高炬”的文章《向反党反社会主义的黑线开火》点明邓拓“为资产阶级复辟鸣锣开道”后[10]，5月10日、5月14日、5月16日先后发表了姚文元、戚本禹等针对邓拓的批判文章，
5月17日夜，邓拓在给彭真、刘仁写信时，用不少篇幅分析自己写《燕山夜话》和《三家村札记》时的背景和不足，竭力表白自己并非“反党反社会主义反毛泽东思想”[13]。
1966年5月18日留下绝笔后在北京家裏服藥自尽
