公司有错，楼主是错上加错；不当获利（占了公司交的税款）上万，怎么说也是相当严重的漏税

他也知道公司为他交了税，可还是硬生生把收入抹去，与税局不断拉锯。
楼主是高阶员工，应有能力理解收入与税的相互关系。税局最终施加罚款是有理由的。