紧急求助，IRS说我少报收入要我补税,大家帮忙

我2002年在一家小公司工作，用CPT，1099表寄到了一个旧地址。我没有收到。我在2003年报2002年税时没有把这部分收入包括进去。当时想等知道确切数额再报。2004年初我拿到了2002年的1099表，我于2004年四月报税时报了2002年的1040X，把这部分税报进去。当时我认为我不需要补交税，因为收入本来不多，又加上各种Deduction。所以虽然申报了这笔收入，但并没有补交税。

前几天我收到IRS的来信，要我补交2002年的税款，信中说我2002申报的收入和Employer申报的数不一致，要求我补交税。并加上从4/15/2003到现在的利息。并说把这笔收入通知了所在的州，我可能需要补交州税等。信上说如果不交，他们会File Federal Tax Lien.

请问如果我及时交了税，我现在是H1身份，这件事对我将来申请绿卡会不会有影响？有没有什么不良记录？

另外我实际上今年四月FILE了1040X，已经申报了这笔收入，可能IRS是不同的Center处理，所以认为我没有申报。

请问我如何同IRS Argue, 是我已经补报了这笔收入，只是我计算税的方法和他们不一样？我准备交这笔税，IRS还要我填一个response form, 选择Agree或Disagree, 请问我填Agree，那是不是相当于承认是IRIRS查出来我漏报收入？