大病病假如何休？

最近得了大病，医生评估需要将近1年时间的治疗，治疗期间由于毒副反应可能无法上班。本人在原单位已工作近十年，sick leave和vacation leave积累了不少（大概有半年），原计划先休这些paid leave, 再休unpaid FMLA（可休12周，约3个月），可以cover大半疗程。但HR来了封信，说是要我休FMLA, 同时cocurrently run paid leave, 这样休假期间可拿工资。可是这样我只有12周的FMLA，假期远远不够。而且原来累计的paid leave有一半也用不上，单位这种做法合理吗？

此外，FMLA结束后是否只能申请short term disability和LTD 来延长假期了？在这期间工作职位还受保障吗？