楼下几位讲的都是自己想出来的吧，一般有如下这几个原因

注意一下跑步前热身，和运动后拉伸。膝盖痛有多种原因，也可能是短期的不适应或者腿部肌肉力量不够造成的。

跑步三个月，，每周一次12km路跑，量并不算大。以你长期坚持瑜伽和跳绳。如果你没有原始损伤的话，这点量不算什么。

我其实觉得如果身体不协调和力量不够的话，跳绳对膝关节影响也不比跑步小。

跑一段时间看看自己的鞋底，如果内翻或者外翻要想办法矫正。

如果你体重大的话，要注意提高步频和减少步幅。步幅过大，在你落地瞬间膝关节锁死，所以对关节造成直接冲击。步频要180以上。

考虑下交叉训练，可以游泳或者骑行。都可以增加腿部力量。

核心力量不够也造成跑步时候晃动过大，也会对膝关节造成影响。

实在不放心就约运动医生看一下。

还有就是跑鞋，买稍微好一点，不过这一点并不是很重要，尤其你才三个月，不是太重要。