大约五年前遇到相同情况，因为就是C盘，系统不能启动了，

结果是将硬盘卸下，装到另外一台计算机上检查出来的。使用当时的软件也没有检查出病毒。只好格式化后重新按照系统。后来也反复思考过原因，不得而知。我想可能是有后门软件，有人使用了这样的软件，你也没有在意，只是随时检查木马时将木马删除了。而等你再发现文件丢失时，木马已经不存在了。