| 此时，辽沈战役已经打响，有的当选院士是在炮火纷飞中从东北、华北坐船到的南京。尽管一路担惊受怕，但多数人的情绪未受大挫。 |
1948年9月，中央研究院首届院士会议。1948年9月，国立中央研究院（以下简称“中研院”）代院长朱家骅邀请新当选的首届院士到南京参加第一次院士会议。此时，辽沈战役已经打响，有的当选院士是在炮火纷飞中从东北、华北坐船到的南京。尽管一路担惊受怕，但多数人的情绪未受大挫。
中研院是国民政府“最高学术研究机关”，1928年6月9日在上海成立，首任院长蔡元培。总办事处设在南京，研究所在南京有气象所、天文所、自然历史博物馆、社科所、地质所、史语所，在上海有物理所、化学所、工程所，心理所在北平。有人曾这样评价当时的中研院：“生物组接近世界最高水平，数理组与世界顶尖水平不相上下，人文组几乎达到世界一流水平。”中研院评议会于1935年6月成立，至1948年9月的13年间，成立了三届评议会，遴选了第二任院长人选，设立了自然科学、社会科学奖，改选了各届评议会聘任评议员。尤其是在1948年，本着“公平公开”的原则，经过评议员几轮投票，选出了中央研究院第一届院士，完成了国家科学院以院士为构成主体的学术体制建设。
盛宴惊雷
1948年4月1日，中研院正式公布了81位首届院士名单。最长者为83岁的吴稚晖，最年轻的是37岁的陈省身，皆为国中望重之士。如数理学组微分几何的开拓者苏步青，微分几何的奠基人陈省身，国际公认的数论权威华罗庚，在临床生化、免疫化学、营养学以及氨基酸等方面有重要贡献的吴宪，有机化学的微分析奠基人庄长恭，对于地质学和古生物学贡献卓越的李四光、翁文灏、杨锺健、章鸿钊等，中国气象学与气候学的创始人竺可桢，中国最有名的桥梁专家茅以升，研究制碱堪称世界一流的化学工程师侯德榜等；生物学组有我国药理学研究的创始人、以研究麻黄素闻名的陈克恢，体质人类学家吴定良，生物学家童第周等；人文组有哲学家冯友兰、金岳霖、汤用彤，政治学家萧公权、钱瑞生，其中中研院历史语言研究所（以下简称“史语所”）当选的有史学家陈寅恪、傅斯年，语言学家李方桂、赵元任，考古学家李济、梁思永、董作宾等人。
1948年9月23日上午10时，“国立中央研究院成立第二十周年纪念会暨第一次院士会议”在南京鸡鸣寺中研院礼堂举行。蒋介石在阴雨朦朦中前来主持典礼，政府要员何应钦以及教育界名流张伯苓、吴贻芳等也参加了开幕礼。8l位院士中只有51位出席。会场布置简朴，未摆设鲜花，天气很阴，亦未开灯。此次民国史上最重要的科学盛会，颇有些“美人迟暮”的意味。
院士代表发言，推举年长的张元济和望重的胡适。83岁的张元济为实现教育救国的梦想，大半生主持商务印书馆，是清末民初中国出版界的龙头。他对硝烟弥漫的国共内战忧心忡忡，他说：“倘若再打下去，别的不用说，我恐怕这个中央研究院，免不了要关门。”这番话使在场者相顾失色。
当晚，举行宴会。据史语所考古组石璋如回忆：
从总办事处到地质研究所前头的空旷处，桌子一路排开，放上酒跟点心，夜里灯火通明，称作游园会。刚开始的时候人很多，爱去哪桌吃，喝酒都可以，可是天候不巧，打了响雷下起阵雨，大家就集中到总办事处的讲演大厅去……
那道惊雷仿佛是不祥的预兆，形势很快就急转直下。
紧急应对
首届院士会议闭幕前，国民党军队已在山东济南的防守战中溃败，防线退到淮海地区。朱家骅预感到下一步的战局将持续恶化，长江天堑难恃，宁沪都将不保，于是考虑再度将中研院搬迁到安全地区，当时拟定的目的地是广州、桂林、重庆和台北四地。他曾以中研院代院长兼教育部长的身份“视察台湾教育”，确定应变策略：以台湾大学为基地，安排由内地迁台的研究院所和专家、教授等，并初步考虑傅斯年为台湾大学校长人选。
到了1948年11月，淮海战役胜败已判，南京岌岌可危。朱家骅出面，在鸡鸣寺一号中研院总办事处连续召开“在京人员谈话会”，中研院总干事兼物理所所长萨本栋主持会议，在南京的七个研究所的负责人姜立夫、陈省身、张钰哲、俞建章、罗宗洛、赵九章、陶孟和、傅斯年等与会，商定了紧急应对措施：
一是立即停止南京九华山中研院的数学、化学和物理三个研究所的基建工程，将装修房屋的木料改钉木箱以备搬迁之需。二是各所尽快征询同人意见，眷属可自行疏散，或于十日内迁往上海，可能出国者尽量襄助其成。三是南京地区文物、图书、仪器、文卷先集中上海，由安全小组封存，再伺机南运。四是搬迁经费，一个月前国民党当局实行金圆券改革，提拨了400万圆供中研院使用，决定用这笔钱作搬迁经费。随即，朱家骅以教育部部长之名义，任命史语所所长傅斯年兼任台湾大学校长。
九华山物理所工地，寄托着国民党当局建立核科学的梦想。1946年年初，美国宣布将在太平洋比基尼岛试爆原子弹，朱家骅派中央大学物理系教授赵忠尧前往参观。参观后转往美国本土，设法购买近代物理研究所需的图书、仪器和设备。赵忠尧曾是清华大学物理系主任叶企孙的助手，后在美国加州理工学院获得博士学位。抗战中回国，任中央大学物理系主任。作为观察员赵忠尧在比基尼群岛参观了美国在太平洋上进行的原子弹试验后，又到美国的一些核物理实验室访问，了解核物理实验的新进展，并做一些研究工作。1948年院士选举告一段落后，总干事兼物理所所长萨本栋也急赴美国考察原子能研究，寻求技术支援。但不久国民党当局已如风中残烛，萨本栋也在1949年底以胃癌撒手人寰。留在美国的赵忠尧决定不去台湾，返回中国大陆。后来他成了中共核弹研究的领军人物。
仓皇去乡
1948年秋冬之交，国内战争的焦点逼近长江，国民党当局的机关单位纷纷南迁。中研院植物研究所李先闻院士率家人首先离去。临行前，他告别同仁时，几乎所有的人都劝他不要走，认为国民党失去政权只是改朝换代，共产党来了也同样要从事科学研究，没有必要千辛万苦地离开。其实，他的走是为了去台湾研究热带植物，他在台试验推广甘蔗的新品种已有数年，被台湾人誉为“甘蔗之神”。
11月，故宫博物院理事会理事长翁文灏在其南京住宅召开谈话会，研究文物去向，与会者有故宫博物院和中央博物院筹备处（以下简称“中博院”）的理事朱家骅、傅斯年、李济、徐森玉、杭立武等人，会议作出了选择精品文物运往台湾的决议。初步决定精挑文物600箱，后扩大挑选范围，选出文物3824箱，其中北平故宫博物院2972箱，中博院852箱，还有中央图书馆及北平图书馆的善本图书和外交部条约档案等。与会者还商定利用此便，将史语所和数学所的图书、文物和仪器也迁移到台湾，包括殷墟出土的甲骨文和铜器、汉代居延汉简、宋代以来的善本书、明清内阁大库档案、拓片7万纸、民间文学逾万册，和中西文图书约15万册，装了两千多箱。所有物资，分三批陆续运往台湾。
当时，中博院总干事曾昭燏代表中国参加联合国博物馆协会，听说文物将运往台湾，她认为十分不妥，于12月7日致函筹备处主任杭立武：
此次遵照理事会决议……运出文物在途中或到台之后，万一有何损失则主持此事者，永为民族罪人，职对此事虽无责任，然为本院保管文物已七八年，对于诸物有浓厚之感情，知有各种危险，岂可缄然。
12月22日，国民党海军首次派出“中鼎”轮装载文物起航，由李济督运开往台湾，于28日抵基隆港。1949年1月6日，运载文物图书资料的“海沪”轮起航，9日驶抵基隆港。
中研院社会所所长陶孟和得知文物图书运台的消息后，在1949年３月６日的《大公报》上发表署名文章《搬回古物图书》。他说，对于这种搬迁，“我们积极地反对，我们严厉地予以斥责。我们主张应该由政府尽速将它运回”，“这些古物与图书决不是属于任何个人，任何党派”，“它们是属于国家的，属于整个民族的，属于一切人民的”。
在这个改朝换代的易辙之时，史语所人心惶惶，就是傅斯年也曾一度动摇。据陈槃回忆：
自三十八（应为三十七—作者注）年冬，首都告警，群情惶急，不知所以为计。一日，师（傅斯年）召集同人会议，惨然曰：“研究所生命，恐遂如此告终矣。余之精力遂消亡，且宿疾未愈，虽欲再将研究所迁至适当地区，使国家学术中心维持得以不坠，然余竟不克荷此繁剧矣。今当筹商遣散。虽然如此，诸先生之工作，斯年仍愿尽其最大努力，妥为介绍安置。”
同人此时，以学术自由之环境已受威胁，于多年生命所寄托之研究所，亦不胜其依恋可惜。一时满座情绪，至严肃悲哀，有热泪为之盈眶者。
师于是不觉大感动，毅然曰：“诸先生之贞志乃尔，则斯年之残年何足惜，当力命以付诸先生之望耳。”
本所迁移之议，于是遂决。
史语所历史组王叔岷在渡海前夕写下自己的感受：
史语所连同故宫博物院、南京博物院、中央图书馆珍贵文物搬运上船，由下关出发，驶往台湾，茫茫沧海，碧鸥绕樯翔舞，久久不去。去乡之情，情何以堪!
狂饮佳酿
史语所大部分人已迁台，手忙脚乱的朱家骅又让傅斯年临危受命，负责抢运平津的一批学人。当时运输工具十分紧张。1948年11月10日，傅斯年直接面见蒋介石。蒋指定此事由傅斯年、陈雪屏、蒋经国三人共同负责。当时他们商定，要接的学者分四类：各院校馆所的行政负责人；因政治关系必须离开者；中研院院士；在学术上有贡献者。史语所秘书那廉君参与此事，据他后来回忆：
1948年末，北平局势紧张，孟真先生那时在南京，千方百计联络接出尚在北平的一些学人……而替他办事的，却只有我一个人，因为那时候史语所同仁早已到了台湾……
我跟孟真先生东奔西跑。他整天地跑教育部、国防部、交通部、青年部，其辛劳情形除非实际参与其事者，无法加以想象。有时候跑到中午，赶不及回去吃饭，照例的是在新街口“三六九”各吃一笼包子，孟真先生心事重重，彼此对坐闷吃，默默无语。一直到最后一批飞机从北平飞到了南京，我们招待这些学人住在史语所的大楼里面，这才松了一口气。被接出北平城的有钱思亮、陈寅恪、毛子水、英千里等人，多数是知名学者。
12月17日，在南京的中研院礼堂，从北平仓皇出逃的胡适出席了北大同学会五十周年校庆大会。胡适在会上痛哭致辞，据次日《申报》报道：
胡氏之报告，一再说明渠如一逃兵，不能与多灾多难之学校同度艰难。……且称“乃一不名誉之逃兵”。声泪俱下，与会者几同声一哭。……旋复由朱家骅、狄膺致词后，即至隔室痛饮佳酿，据校友会报告，所储佳酿共计百斤，但愿狂饮，不欲剩余……
1949年元旦之夜，南京城中一派死寂。胡适与傅斯年共度岁末，置酒对饮，瞻念前途，潸然垂泪。 1月５日，陈诚就任台湾省主席，即致电傅斯年，要他迅速赴任，接手台大，“共负钜艰”。离开南京的那个寒夜，胡适、傅斯年夫妇在前，那廉
君随后，相继走出史语所的红门，众人心事重重默然无语，工友老裴红着眼圈，对他们说：“等着你们快些回来！”
被列为学人抢救头号人物的史学大家陈寅恪，离开北平后先到上海，后留在广州，再没有继续南下。
“弃暗投明”，是中研院社会所所长陶孟和的公开宣称。他反对迁台，主张留守南京。1948年11月30日，他参加在京人员谈话会时就义正辞严地提出，“搬不搬要同全所同人商量，以多数人意见为依归”。
12月9日，朱家骅主持临时院务会议时，陶孟和汇报说，社会所以“全所人员多一票”的结果决定不迁。朱家骅以“出席人员中包括助理研究员不符合规定”为借口，企图否定陶孟和的意见。陶孟和针锋相对，批评朱家骅推翻社会所多数人不同意搬迁的决定，是置多数人的意志和权利于不顾。
朱家骅下令陶孟和率社会所迁桂林。陶孟和置之不理，既不组织迁桂林，也不做迁上海的准备。他患心脏病，单身住在研究所办公室主持所务，给所里工作人员打气。他对大家说：“朱家骅是我的学生，我可以顶他，他不敢把我怎么样。”
4月20日，“国共和谈”破裂。4月24日，代院长朱家骅召集院务会议，在会议上，中研院的成员同意了迁台的决议。但会后不久，情况生变。就在朱家骅南下广州期间，原来愿意撤退迁台而集中在上海的中研院人员约40余户全改变了主意，决定留在大陆。除了史语所和数学所外，所有的研究所都拒绝迁台。
地质所所长李四光与朱家骅的关系甚佳，同是地质所创办人。1948年2月，李四光出席在伦敦召开的第18届国际地质学会，偕夫人许淑彬赴英，并经挪威接受奥斯陆大学授予的哲学博士学位。当时，朱家骅越过李四光，直接要求地质所南迁广州。地质所代所长俞建章以国民党党部区部书记之身，服从了朱家骅的决定。但研究员许杰、赵金科等密拟了“反对搬迁誓约”，签字的有11人，并密告在英国的李四光所长。1949年1月末，李四光给俞建章发来专电，他认为搬迁“只好任有志者前往；若为地质所同人避乱似无多大意义，我个人绝不赞成。”
史语所整体迁台，但也有一批人选择留下，其中不乏傅斯年的亲朋故旧。
傅乐焕是傅斯年亲自养育的亲侄子。他在傅斯年的资助下，于1947年赴英国伦敦大学亚非学院进修。以往他给伯父的信，只谈学问、家事和所务，从不涉及政治。1948年4月3日他在给傅斯年的信中说：
昨间接闻人言，我叔近在美常作演讲，协助政府。在美部分左倾学生，颇为失望。今日政府之颓局，全他们自己造成，不值得为之过分分神也。
两年后，傅乐焕以论文《捺钵与斡鲁朵》获得伦敦大学博士学位，很快就从英国直接回到红旗下的北京。
最后遗响
1949年12月18日，解放军的炮火已威胁到成都机场，蒋介石不得不在匆遽之中搭乘专机离开。同天稍早，朱家骅率同国民党当局行政院官员飞离成都抵达台湾，继续以行政院副院长身份代理中研院院长。
随国民党当局到台湾的院士一共只有凌鸿勋、林可胜、傅斯年、董作宾、李济、王世杰、吴稚晖、朱家骅、李先闻等9位，另外去了美国的有陈省身、李书华、赵元任、汪敬熙、胡适、吴大猷等12人，其余50多位院士留在大陆。中研院原有500多人，除了总办事处、史语所和数学所三个单位共50余人以外，其余各所全都选择留在大陆。数学所原有研究和行政人员18位，去台的也仅4位研究人员和1位行政人员，所长姜立夫完成搬迁任务后，坚辞所长之职，返回大陆广州任教职。史语所原有41位研究人员，也仅20位去台(另有2位赴美)，规模基本上维持完整。
1957年4月3日台北，中研院代院长朱家骅在第三届评议会第一次会议的开幕词及院务报告中，总结回顾了搬迁失败的原因：
当时币值日日下泻，无法保证计划运用，达于极点。然经多方奔走设法，各机关若肯帮忙，尚不至陷于全无办法之处境。乃和谈之议，既鉴于已往西迁八年播徙所受之艰苦，复困到台后之同人，生活起居亦十分困难，安土重迁，自难免存观望之念，不立即设法启程……本人之一切努力，至此悉成虚掷。
1949年6月9日，在新生的土地上，一批留在上海的研究人员发起召开了中研院成立21周年纪念会。中共高级将领陈毅莅会。先是竺可桢半个小时的发言，报告中研院的历史，提及蔡元培、丁文江，尤其是杨杏佛的筚路蓝缕之功。
6月17日，中研院被军管会正式接收。9月27日，中国人民政治协商会议第一届全体会议通过《中华人民共和国中央人民政府组织法》，规定在政务院之下设“科学院”，为负责组织全国科学工作的行政部门。
11月1日，中国科学院（以下简称“中科院”）在北京成立。首任院长郭沫若，副院长陈伯达，另外三位副院长分别是原中研院地质所所长李四光、社会所所长陶孟和、气象所所长竺可桢。中研院的大部分人员、图书、仪器等，成了新中国发展科学事业的基础和重要力量。
1949年12月，李四光正在做回国的准备。一位朋友打电话告诉他，国民党政府驻英大使已接到密令，要李四光公开发表声明拒绝接受职务，否则就要被扣留。李四光当机立断，只身离开伦敦来到法国。两星期之后，夫人许淑彬接到李四光来信，说他已到了瑞士与德国交界的巴塞尔。夫妇二人在巴塞尔买了从意大利开往香港的船票，于启程秘密回国。1950年4月中旬莅临上海，中科院华东办事处各研究所人员热烈欢迎李四光，并召开了座谈会。
下午，全体人员举行简单的欢迎会，由李亚农主席主持，他说：“我们中国科学院同人，每天都在热烈盼望李副院长回国。李副院长经过种种困难，尤其是国民党反动派深恐他回国增加人民的力量，不惜勾结英帝国主义阻挠，但仍阻止不住李副院长投向祖国的热情。这是值得敬佩的。相信他回国后对国家社会一定会有更大的贡献。”
1949年如一柄历史的长剑，最终切割了中研院厚重的过去；最终划开了中研院同仁间那道汹涌澎湃的海峡。所谓最终，对于中研院来说，永远不复过去的使命与辉煌；对于走的人来说，那是最后的机会；而对留下的人来说，无疑亦是新的开端……
本文写作参考了李扬编著的《国立中央研究院史》（中国社会科学院图书情报工作杂志社1998年内部资料），台湾?“中央研究院”编写的《追求卓越—中央研究院八十年》，谨此说明，并向作者致谢。
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