好像流程挺复杂，复杂的流程靠邮件来回很容易混乱

就目前情况看，你只能公事公办。部门之间的邮件都cc给双方头儿，有据可查。口头沟通的结果最好也用邮件纪录下来发给各方。这样做工作量很大，但可以免去别人对你的推诿。最好是有一个自动记录整个流程的系统，发单、发货、销单、审批、报表等等。