獨派對於陳菊雖有所批評,不過陳菊的「中央政府、馬總統」與「台灣不只有國民黨」,跟藍營政治人物做出了區別,也讓獨派的火力削弱不少。獨派大老彭明敏對於這位老同志的決定其實並不贊成,但他表示,「她有她的判斷,因為運動會在高雄舉辦,假使我是高雄市長的話,我是不願意去的,也不會去的。」
民進黨主席蔡英文則是指出,陳菊以首長身分前往中國,行銷高雄世運,和兩岸及中國問題沒有直接關係,有些獨派人士甚至認為陳菊表現很好,待陳菊返台後赴民進黨中常會報告再說。蔡英文對於陳菊赴大陸相當肯定,不過既然開了先例,往後黨內公職人員赴大陸的規範是否就此鬆綁,蔡英文依舊賣了關子,僅表示個案多了,就會出現規範。
周玉蔻認為,陳菊這次去中國已經衡量過得失利弊了。她認為該緊張的是國民黨的政治人物,而周玉蔻認為大勢所趨已經底定,民進黨接下來還會有「天王」前往中國訪問,呂秀蓮或是謝長廷都是可能人選。