神六由升空、航行至?陆都需要精密监控指挥，从航天指挥、监测系统、逃生装置及?陆的安排都严密周详，除了要保证这次升空计画成功，更重要的是确保两名航天员的安全，有十一名中国驻外大使持有神六太空舱的钥匙，一旦神六意外降落在这些国家，中国大使可立即抢救航天员。
由神六发射的一刻开始，遍布全球各地的航天测控站一直跟踪测量、遥控宇宙飞船，再把数据和讯息传送给航天控制中心，在发射场上的指挥人员和火箭设计人员可以根据这些数据侦查和分析故障。他们可以透过无线电信号，透过这些测控站将指令传送到宇宙飞船或火箭上，并且可主动控制宇宙飞船操作，例如分开有故障的仪器，指令后备仪器立即激活，甚至在紧急情况下指令宇宙飞船执行一些任务，保障航天员的安全。
陆上测控站远至南非
中国的航天测控站分海、陆两类。陆上测控站分别设在酒泉、北京、新疆、南非和巴基斯坦等地。海上的四艘「远望」号测量船分布在太平洋、印度洋和大西洋，以辅助陆上测控站。船上配备大量现代化测量设备，包括微波统一测控系统、激光电影经纬仪、双频测量设备等。由第一艘远望号在一九七九年建成以来，测量船曾多次顺利完成远程运载火箭和各种航天器发射海上的测控任务，为中国航天事业发展贡献良多。
长征系列火箭还首次装上图象实时测量系统，俗称「千里眼」，让地面指挥人员可以实时看到火箭从起飞到船箭分离等动作，从而更准确观测和判断火箭状态，监测任何异象变化，让航天中心可迅速发出指令以保障航天员安全。
据新华社报道，为了保证航天员能安全?陆，除了内蒙古四子王旗的主?陆场承担宇宙飞船搜索回收任务外，这次还激活了距发射场一百多公里外的副?陆场，把航天员?陆的危险减至最低。?陆场总设计师侯鹰还根据宇宙飞船可能出现的故障特点和航区的地理特征等因素，分别在酒泉、银川、榆林和邯郸设置了应急搜救点，此外又在黄海、东海和太平洋海面设立三个应急搜救区，配备多种仪器，确保在任何情况下可以在二十四小时内迅速搜索返回舱和抢救航天员。
美国无提供预警讯息
为确保宇宙飞船在航行发生意外时可主动紧急着陆，除在国内设置宇宙飞船自主紧急返回救生区，中国又与其它国家、包括美国协议，如果神六在其它国家?陆，该国有义务保护和协助神六航天员，中国驻在这些国家的大使都配备神六太空舱的钥匙，以防万一，在紧急时持神六太空舱钥匙救人。
中国载人航天工程副总指挥胡世祥透露，十月六日，美国主动提出向中国提供神六发射时的预警讯息，以避免神六和美国掌握的一万三千个太空碎片以及美国的航天器活动发生碰撞。为了神六的飞行安全，中国首次向美国预先提供神六部分发射数据，以便获得发射窗口的咨询服务。不过，美方收到数据后，却因为适逢公众假期而无法提供预警讯息。
由神六发射的一刻开始，遍布全球各地的航天测控站一直跟踪测量、遥控宇宙飞船，再把数据和讯息传送给航天控制中心，在发射场上的指挥人员和火箭设计人员可以根据这些数据侦查和分析故障。他们可以透过无线电信号，透过这些测控站将指令传送到宇宙飞船或火箭上，并且可主动控制宇宙飞船操作，例如分开有故障的仪器，指令后备仪器立即激活，甚至在紧急情况下指令宇宙飞船执行一些任务，保障航天员的安全。
陆上测控站远至南非
中国的航天测控站分海、陆两类。陆上测控站分别设在酒泉、北京、新疆、南非和巴基斯坦等地。海上的四艘「远望」号测量船分布在太平洋、印度洋和大西洋，以辅助陆上测控站。船上配备大量现代化测量设备，包括微波统一测控系统、激光电影经纬仪、双频测量设备等。由第一艘远望号在一九七九年建成以来，测量船曾多次顺利完成远程运载火箭和各种航天器发射海上的测控任务，为中国航天事业发展贡献良多。
长征系列火箭还首次装上图象实时测量系统，俗称「千里眼」，让地面指挥人员可以实时看到火箭从起飞到船箭分离等动作，从而更准确观测和判断火箭状态，监测任何异象变化，让航天中心可迅速发出指令以保障航天员安全。
据新华社报道，为了保证航天员能安全?陆，除了内蒙古四子王旗的主?陆场承担宇宙飞船搜索回收任务外，这次还激活了距发射场一百多公里外的副?陆场，把航天员?陆的危险减至最低。?陆场总设计师侯鹰还根据宇宙飞船可能出现的故障特点和航区的地理特征等因素，分别在酒泉、银川、榆林和邯郸设置了应急搜救点，此外又在黄海、东海和太平洋海面设立三个应急搜救区，配备多种仪器，确保在任何情况下可以在二十四小时内迅速搜索返回舱和抢救航天员。
美国无提供预警讯息
为确保宇宙飞船在航行发生意外时可主动紧急着陆，除在国内设置宇宙飞船自主紧急返回救生区，中国又与其它国家、包括美国协议，如果神六在其它国家?陆，该国有义务保护和协助神六航天员，中国驻在这些国家的大使都配备神六太空舱的钥匙，以防万一，在紧急时持神六太空舱钥匙救人。
中国载人航天工程副总指挥胡世祥透露，十月六日，美国主动提出向中国提供神六发射时的预警讯息，以避免神六和美国掌握的一万三千个太空碎片以及美国的航天器活动发生碰撞。为了神六的飞行安全，中国首次向美国预先提供神六部分发射数据，以便获得发射窗口的咨询服务。不过，美方收到数据后，却因为适逢公众假期而无法提供预警讯息。
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